在藥品生產中，GMP條例對藥品生產（特別是無菌產品）有著極其嚴格的要求。為此，藥品生產車間需要通過臭氧消毒來保證藥品生產環境。臭氧消毒與各種傳統消毒方法相比消毒效果更顯著，臭氧不僅能夠有效殺滅綠膿桿菌、大腸桿菌以及肝炎病毒等各類細菌，并且還能有效殺滅病毒。生物制藥類的潔凈車間較早常用的消毒方法是通過噴灑或熏蒸化學藥品來進行消毒，然而，這種方法往往會產生大量細小微塵，對潔凈車間的環境有著很大的影響，并且實施起來也比較麻煩。所以，隨著近年來大量新消毒技術的開發，干凈衛生的臭氧開始被廣泛用于制藥滅菌中